Museum Bahari adalah museum yang menyimpan koleksi yang berhubungan dengan kebaharian dan kenelayanan bangsa Indonesia dari Sabang hingga Merauke.
Koleksi-koleksi yang disimpan terdiri atas berbagai jenis perahu tradisional dengan aneka bentuk, gaya dan ragam hias, hingga kapal zaman VOC. Disajikan pula berbagai model dan miniatur kapal modern dan perlengkapan penunjang kegiatan pelayaran. Di sisi lain ditampilkan koleksi biota laut, data-data jenis dan sebaran ikan di perairan Indonesia dan aneka perlengkapan nelayan dan pelayaran (alat navigasi, jangkar, teropong, model mercusuar dan aneka meriam), tehnologi pembuatan perahu tradisional serta folklor adat-istiadat masyarakat nelayan Nusantara. Melengkapi penampilan kebaharian Indonesia, museum ini juga menampilkan matra TNI AL, koleksi kartografi, maket Pulau Onrust, tokoh-tokoh maritim Nusantara serta perjalanan kapal KPM Batavia - Amsterdam.
Museum ini berlokasi di Jalan Pasar Ikan No. 1 Sunda Kelapa, Jakarta Barat.
Pada masa pendudukan Belanda bangunan yang saat ini dipergunakan untuk museum dulunya adalah gudang yang berfungsi untuk menyimpan, memilih dan mengepak hasil bumi, seperti rempah-rempah yang merupakan komoditi utama VOC yang sangat laris di pasaran Eropa. Bangunan yang berdiri persis di samping muara Ci Liwung ini memeiliki dua sisi, sisi barat dikenal dengan sebutan Westzijdsche Pakhuizen atau Gudang Barat (dibangun secara bertahap mulai tahun 1652-1771) dan sisi timur, disebut Oostzijdsche Pakhuizen atau Gudang Timur. Gudang barat terdiri dari empat unit bangunan, dan tiga unit di antaranya yang sekarang digunakan sebagai Museum Bahari.
Pada masa pendudukan Jepang, gedung-gedung ini dipakai sebagai tempat menyimpan barang logistik tentara Jepang. Setelah Indonesia Merdeka, bangunan ini dipakai oleh PLN dan PTT untuk gudang. Tahun 1976 bangunan cagar budaya ini dipugar, dan kemudian pada 7 Juli 1977 diresmikan sebagai Museum Bahari.